Vandet kontrolleres jævnligt på værket og hos forbrugerne. Alle analyser er foretaget af Eurofins laboratorium, der er godkendt til at udføre analyserne.

Fanø Vandværk indvinder vand fra 10 boringer der er placeret i ”Strimlen” syd for vandværket, med en afstand mellem hver boring på 100 meter

Råvandet behandles på værket inden det sendes ud til forbrugerne, ved dobbelt beluftning og dobbelt filtrering og tilsættes lidt kaliumpermanganat for at få jernet til at udfælde på forfiltrene hvor det tilbageholdes i sandet.